Aan het bestreden besluit, waarbij verweerder het bezwaar van appellante tegen de intrekking met ingang van 1 juli 2008 van de haar verleende aanwijzing ongegrond heeft verklaard, heeft verweerder, samengevat, het volgende ten grondslag gelegd. Op grond van richtlijn 69/465/EEG en richtlijn 2000/29/EG dient de teelt van voortkwekingsmateriaal dat in het verkeer wordt gebracht, plaats te hebben gevonden op grond die vrij is van besmetting met AM. In de periode van begin jaren '90 tot 2004 zijn werkzaamheden met betrekking tot monstername, laboratoriumonderzoek en besluitvorming ten behoeve van de afgifte van officiële verklaringen opgedragen aan private commerciële laboratoria. Vanaf 1 juli 2001 was er in plaats van een door de PD afgegeven AM-verklaring een geldige onderzoeksverklaring AM nodig voor de teelt of het in het verkeer brengen van voortkwekingsmateriaal. Gelet hierop is appellante bij besluit van 9 juli 2001 aangewezen als instantie die een verklaring als bedoeld in artikel 2 Regeling kan afgeven. Die bevoegdheid bracht overigens met zich dat appellante tevens de grondmonsters voor het AM-onderzoek nam. Door deze aanwijzing is een officiële fytosanitaire taak aan appellante uitbesteed, aldus verweerder.
De taken die in richtlijn 2000/29/EG aan de lidstaten zijn opgedragen dienen in beginsel te worden uitgevoerd door de officiële instantie van een lidstaat, in Nederland de PD.
Onder bepaalde voorwaarden kunnen de officiële instanties van een lidstaat taken, die onder hun gezag en toezicht moeten worden verricht, uitbesteden. Die eisen zijn neergelegd in artikel 2, eerste lid, aanhef en onder g, van deze richtlijn. De rechtspersoon, waaraan de uitvoering van een officiële taak wordt overgedragen, moet, krachtens zijn officieel goedgekeurde statuten, uitsluitend zijn belast met specifieke taken van openbaar belang en mag, evenals haar leden, geen enkel persoonlijk voordeel trekken uit het resultaat van de maatregelen die zij neemt. Aangezien de ondernemingen waaraan indertijd aanwijzingen zijn verleend, waaronder appellante, niet uitsluitend zijn belast met specifieke taken van openbaar belang, voldoen zij niet aan de eisen van de richtlijn 2000/29/EG. De Europese Commissie (hierna: EC) heeft in ambtelijk overleg sinds september 2006 aangegeven dat de positie van private laboratoria in het huidige stelsel moet worden aangepast. De EC heeft, onder meer bij brief van 18 september 2007, aangegeven dat zij betrokkenheid van private laboratoria bij officieel onderzoek naar quarantaineorganismen niet zal toestaan. Naar de mening van verweerder is de noodzaak tot intrekking van de aanwijzing daarmee gegeven.
Het door appellante in bezwaar ingenomen standpunt dat de onderzoeksverklaring AM geen besluit zou zijn, doet er volgens verweerder niet aan af dat het besluit tot intrekking van de aanwijzing als instantie bedoeld in artikel 2 Regeling juist is. Ook de door appellante voorgestane oplossing van een zelfstandig bestuurorgaan (hierna: zbo) kan niet aan de juistheid van het intrekkingsbesluit afdoen. Overigens is het regeringsbeleid om geen nieuwe zbo's op te richten.
Dat verweerder onder de werking van richtlijn 2000/29/EG officiële taken aan appellante heeft uitbesteed, betekent volgens hem niet dat de aanwijzing in stand moet worden gelaten, aangezien inmiddels duidelijk is geworden dat dit strijdig is met die richtlijn. Appellante moet volgens verweerder geacht worden van die richtlijn op de hoogte te zijn en kan zich derhalve niet met succes op het vertrouwensbeginsel beroepen.
Daar appellante wordt geacht het communautaire recht te kennen, ligt het niet in de rede een te lange overgangstermijn (van twee jaar) toe te kennen. Appellante is sinds 4 april 2007 bekend met het voornemen de aanwijzing in te trekken en heeft meer dan een jaar de tijd gehad om zich aan de nieuwe situatie aan te passen. Bij het bepalen van de overgangstermijn tot 1 juli 2008 is bovendien rekening gehouden met het feit dat voor appellante het seizoen loopt van zomer tot zomer.
Verweerder ziet geen aanleiding nadeelcompensatie toe te kennen. Appellante kende richtlijn 2000/29/EG of kon die kennen, aangezien zij met de uitvoering van een deel daarvan was belast. Bovendien is haar een voldoende overgangstermijn gegund. Het feit dat appellante vele jaren in strijd met richtlijn 2000/29/EG werkzaam is geweest, brengt met zich dat zij geen recht heeft op schadevergoeding.